Царь Алексей Михайлович был одним из инициаторов церковной реформы, проводимой с 1652 года патриархом Никоном. Суть ее сводилась в первую очередь к исправлению церковных книг, напечатанных еще в царствование Ивана Грозного с погрешностями против греческих первоисточников. В итоге устранения ошибок стала иной обрядовая сторона русского православия: было введено трехперстное крестное знамение вместо двуперстного, земные поклоны заменены поясными и т.д. Патриарх Никон усмотрел отступления от греческих канонов и в иконописи — ведь все русские святые изображались с двумя благословляющими перстами. Часть русского духовенства резко выступила против нововведений, усмотрев в них поругание отечественной православной древности. За это в 1654-1656 годах одни были лишены сана, а другие сосланы.
Среди противников церковной реформы своим красноречием выделялся протопоп Аввакум. Когда он получил «памятную грамоту», в которой говорилось о необходимости креститься тремя перстами, у него, по его словам, «сердце озябло и ноги задрожали». Несмотря на свои личные симпатии к Аввакуму, Алексей Михайлович, занявший бескомпромиссную позицию в борьбе со старообрядчеством, в 1653 году сослал его в Тобольск. После низложения Никона, вызванного непомерным честолюбием патриарха, который откровенно притязал, помимо духовной, на светскую власть и вступил в конфликт с царем, Аввакума возвратили в Москву. Это произошло по ходатайству его влиятельных друзей-бояр, ненавидевших Никона. Но сам Аввакум выступал не лично против Никона, а против реформ, поэтому и в дальнейшем не оставил своего поприща. Аввакум содействовал созданию старообрядческих общин, писал послания против «никонианцев» и подавал челобитные царю об отмене церковных нововведений. В его деятельности усмотрели бунтовщичество и в 1664 году сослали в Пустозерск. Там бывшего протопопа заключили в «земляную тюрьму», а в 1681 году сожгли на костре. Сам царь Алексей Михайлович скончался 29 января 1676 года в Москве. Похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля.
Царь Алексей Михайлович и Никон. Художник А.Д. Литовченко
Московский Кремль. Теремной дворец. Золотое (Красное) крыльцо
Среднее окно Престольной палаты (она же — Тронная, Государев кабинет) Теремного дворца именовалось «челобитным»: из него опускался ящик, куда каждый мог положить прошение царю. Этот ящик в народе именовался «долгим», так как челобитные читались очень редко.
Боярыня Морозова. Художник В.И. Суриков
В период гонений Аввакума поддерживала сторонница старой веры боярыня Феодосия Прокопьевна Морозова, урожденная Соковнина. Она вела переписку с Аввакумом, оказывала материальную помощь его семье. За свои убеждения боярыня в 1671 году была арестована и заточена в Боровский монастырь, где в 1675 году и умерла.
Пытка боярыни Морозовой. Неизвестный художник
Святейший патриарх Никон у ложа больного царя Алексея Михайловича. Миниатюра