Вскоре после воцарения Шуйского появились слухи о чудесном спасении (в который уже раз) царевича Дмитрия Ивановича, сына Ивана Грозного. В южных районах России даже объявился его «посланник», Иван Болотников, осенью 1606 года возглавивший народное восстание. Бунтовщики предприняли поход на Москву, но в декабре были разбиты правительственными войсками у подмосковной деревни Котлы, а осенью 1607 года разгромлены окончательно. Когда весной 1608 года войска Лжедмитрия II осадили столицу, Шуйский, пытаясь противостоять «тушинскому вору», заключил в феврале 1608 года договор со Швецией. По нему шведы обязывались выступить на стороне русского царя, за что им отходила часть русских территорий. Весной 1609 года пятнадцатитысячный шведский корпус пересек северную границу Русского государства. С запада, воспользовавшись сложным положением России, в ее пределы вторглись польские войска, которые в июле 1610 года подошли к Москве. Поляки под командованием гетмана Жолкевского захватили русскую столицу и разграбили ее. Шуйский, 17 июля свергнутый боярами и насильно постриженный в монахи, со всей семьей в качестве пленника был отправлен в Польшу. Итог его царствования, ознаменованного полным разорением государственной казны и окончательным упадком жизненного уровня населения, был печален.
Восстание Ивана Болотникова. Художник Э. Лисснер
В 1606 году вспыхнуло восстание Ивана Болотникова. В октябре его армия осадила Москву, а через два месяца мятежников отбросили к Калуге и окружили. Болотникову удалось вырваться из кольца и отступить к Туле. Осаду Тулы возглавил сам Шуйский. Он приказал перегородить плотиной реку Упу и затопить город. Повстанцы открыли городские ворота и были полностью истреблены.
Свержение Самозванца. Художник Н. Некрасов
Въезд Шуйского и Делагарди в Москву. Художник В.Г. Шварц
По восшествии на престол Василий Шуйский дал оформленное в виде крестоцеловальной записи обязательство сохранить привилегии боярства и не судить бояр без участия Боярской думы. В то же время Шуйский сместил без церковного суда патриарха Игнатия, поставленного Лжедмитрием I. Игнатия заточили в Чудов монастырь, и Россия осталась без патриарха.
Лжедмитрий II (Тушинский вор)
В то время когда Шуйский осаждал Болотникова в Туле, на Брянщине появился новый самозванец, польский ставленник Лжедмитрий II, который летом 1608 года подошел с войском к Москве и разбил свой лагерь в Тушине. За это он получил прозвище Тушинский вор. Самозванец вел осаду Москвы в течение 21 месяца.