Федор Годунов венчался на царство в недоброе для страны время и правил ею всего 50 дней. Когда в Москве целовали крест и присягали «государыне своей, царице, великой княгине Марии Григорьевне всея Руси и ее детям, государю Федору Борисовичу и государыне царевне Ксении Борисовне», к столице направлялись войска самозванного царевича Гришки Отрепьева.
Лжедмитрий I, как впоследствии назовут его (будет еще и Лжедмитрий II), отправил в Москву грамоту, в которой обещал наградить всех, кто его признает, и уничтожить не признавших. Народ московский пребывал в смущении — а вдруг это действительно сын Ивана Грозного? Кончилось все тем, что толпа ворвалась в Кремль. Вдову и детей Бориса бунтари взяли под стражу, а их дворец разграбили. Но страдания царской семьи на этом не закончились. З июня нанятые боярами Василием Шуйским и Василием Мосальским убийцы сначала низложили патриарха Иова, а затем задушили царицу Марию Григорьевну и царя Федора Борисовича. Народу объявили, что они отравились, и тела их выставили напоказ.
Несколько дней спустя из Архангельского собора вынесли гроб царя Бориса (было сказано, что он тоже отравился) и перезахоронили в бедном Варсонофьевском монастыре, близ Лубянки. Там же погребли и его семью, без отпевания, как самоубийц. Позже останки Годуновых перенесли в Архангельский собор Московского Кремля.
Печальной была участь дочери Бориса Годунова. Ксения стала наложницей Гришки Отрепьева, а когда она ему надоела, ее постригли в монахини с именем Ольга. Так закончилось царствование Годуновых, находившихся на русском престоле семь лет.
Последние минуты Годуновых. Художники Штадлер и Паттиот
Агенты Дмитрия Самозванца убивают сына Бориса Годунова. Художник К.Е. Маковский