Однако успешным царствование Годунова было недолго. В 1601-1602 годах сильные неурожаи в стране привели к увеличению в сто раз цены на хлеб и, соответственно, к массовым голодным смертям, появились случаи каннибализма. Еще более осложнили ситуацию эпидемии. Только в Москве было похоронено около 127 тысяч человек, при том, что погребать успевали не всех. Ни царь, ни созданная в 1603 году Боярская дума не смогли стабилизировать положение. Поползли слухи, что власть Годунова — это Божья кара для страны, а царствование Бориса не освящено благословением Божьим, потому что оно беззаконно, достигнуто неправдой, и тому подобное. Начались бунты.
Самым крупным было восстание под предводительством атамана Хлопка в 1603 году. Наконец в октябре 1604 года на Москву двинулся отряд поляков во главе с человеком, который называл себя царевичем Дмитрием. Слухи о чудесно спасшемся младшем сыне Ивана Грозного давно будоражили Москву. После разгрома правительственными войсками в январе 1605 года шляхтичей и бегства их вожака в Путивль выяснилось, что он самозванец и зовут этого проходимца Гришкой Отрепьевым. Тем не менее рассказы об уцелевшем царевиче продолжали распространяться. Скончался Борис Годунов 23 апреля 1605 года в Москве. Его похоронили в Архангельском соборе Московского Кремля.
Борис Годунов рассматривает карту, по которой учится его сын. Художник И. Некрасов
У Бориса Годунова после смерти старшего сына осталось двое детей — сын Федор и дочь Ксения. Федор — интересный, умный и способный молодой человек — получил отличное по тому времени образование. Отец выписывал для него иностранных учителей и рано начал приобщать к государственной власти. Ксения славилась своей красотой, кроме того, она была прекрасно воспитана.
Царь Борис Годунов и его дети Федор и Ксения. Художник А.Д. Кившенко
Московский Кремль. Ансамбль колокольни «Иван Великий». XVI—XVII вв.
При Борисе Годунове развернулось строительство городов и церковных сооружений. В 1600 году по его указу была надстроена Ивановская колокольня, увенчавшая композицию Кремля. Она стала самой высокой постройкой в Москве (ее высота равняется 80 метрам). На перекладине креста поместили надпись: «Царь славы». В народе столп получил наименование «Иван Великий».