Из событий, происшедших в царствование Федора Иоанновича, необходимо отметить появление на Руси первого патриарха. Им в 1589 году стал митрополит Иов. Будущий глава русской церкви Иов (в миру Иоанн) с детских лет жил в Успенском монастыре города Старицы. Между 1552 и 1555 годами Иов постригся, а около 1569 года, после посещения обители Иваном Грозным, «государским благорассмотрением» был поставлен в архимандриты. Вскоре после этого его перевели в Москву. С 1571 по 1580 год он являлся настоятелем сначала Симонова монастыря, а затем Новоспасского.
Патриарх Московский Иов. Парсуна
Строгая жизнь и хорошее знание Священного Писания и богослужебных книг открыли Иову путь к епископству, а в декабре 1586 года он был поставлен митрополитом «всея Руси» на место низложенного Дионисия. В 1588 году восточные патриархи приняли решение учредить в России патриаршество, и 23 января 1589 года Иова избрали, а 26 января нарекли патриархом. С этого времени русская церковь была возведена в самостоятельную и равноправную степень наравне с другими поместными церквами. Среди деяний патриарха Иова необходимо отметить учреждение в 1591 году Донского монастыря в Москве и организацию миссионерства в Поволжье, Сибири и северных краях страны.
В 1591 году патриарх Иов выступал верховным судьей по делу убийства царевича Дмитрия в Угличе. После совещания с представителями духовенства и с Боярской думой патриарх вынес вердикт — царевич погиб в результате несчастного случая, а не был убит. После смерти царя Федора Иоанновича и отказа от власти царицы Ирины патриарх Иов на время встал во главе государства. Но, обязанный Борису Годунову своим возвышением, патриарх предложил Земскому собору его кандидатуру на избрание царем. 21 февраля 1598 года Иов собрал крестный ходи во главе его пришел к Борису Годунову просить стать государем. Когда появился Лжедмитрий I, патриарх Иов предал его проклятию и объявил, что человек, выдающий себя за царевича Дмитрия, не кто иной, как еретик и расстрига Гришка Отрепьев, а настоящий царевич умер. После смерти Бориса Годунова Иов стал покровительствовать его сыну Федору Борисовичу.
В итоге патриарх стал жертвой переворота, совершенного в пользу самозванца. В июне 1605 года Иов был схвачен во время службы в Успенском соборе. Самого патриарха отправили на убогой телеге в Старицкий монастырь, а принадлежавший ему дом разграбили. После низложения Иова его место занял архиепископ Рязанский Игнатий. После убийства Лжедмитрия I, заточения в Чудов монастырь патриарха Игнатия и восшествия на престол Василия Шуйского ослепший в обители Иов прибыл в Москву. 20 февраля 1607 года в Успенском соборе состоялось его примирение с народом. Свергнутый патриарх простил и благословил свою паству. Вскоре после этого Иов вернулся в Старицу, где и скончался 19 июня 1607 года. Патриарха погребли в Свято-Успенском монастыре, а в 1652 году его останки перенесли в Москву, в Успенский собор. Патриарх Иов был канонизирован Русской православной церковью.