Среди бояр началась борьба за влияние на нового царя. В конце концов, всех пересилил бывший опричник, зять Малюты Скуратова боярин Борис Федорович Годунов, ставший фактическим правителем страны. Он доводился шурином царю: его сестра Ирина Годунова была женой Федора Иоанновича. В 1592 году у царственных супругов появилась на свет дочь Феодосия, но в следующем году она умерла. По Москве ходили упорные слухи, что Ирина родила мальчика, но Борис Годунов подменил его девочкой, чтобы не было претендентов на престол.
Царь Федор Иоаннович, патриарх Иов и Борис Годунов
Годунов входил в созданный при царе Опекунский совет, в котором кроме него состояли Богдан Бельский, князь Иван Шуйский, Никита Захарьин-Романов, князь Иван Мстиславский. Каждый из них имел свой интерес и по-разному влиял на государственную политику. Так, например, Богдан Бельский, племянник Малюты Скуратова, временщик последних лет правления Ивана Грозного, стремился к захвату единоличной власти и к восстановлению опричных порядков. Это многим не нравилось, и в 1584 году в Москве вспыхнуло восстание против Вельского. В результате энергичный и честолюбивый претендент на власть в стране оказался в ссылке.
Царь Федор Иоаннович делает правителем России Бориса Годунова.
Борису Годунову, имевшему огромное влияние на Федора Иоанновича, постепенно удалось устранить всех остальных соперников. Пожилого князя Ивана Федоровича Мстиславского вынудили постричься в монахи, престарелый дядя царя (по матери) Никита Романович Захарьин-Романов умер,а князь Иван Петрович Шуйский попал в опалу, а затем был умерщвлен. Годунов стал фактическим властителем государства. В его пышный боярский титул вошло слово «правитель». Годунов от своего имени вел дипломатическую переписку с европейскими дворами, иностранцы называли его «князем» и «лордом-правителем».